San Gimignano surge en un sitio que ha sido habitado seguramente por los etruscos, al menos del Siglo III A.c., como testimonio de numerosos encuentros arqueológicos (sobretodo tumbas) en el territorio circundante. La colina habría sido elegida seguramente por cuestiones estratégicas, siendo dominante 324 mts s.n.m de la alta Val de Elsa.

Los primeros datos se remontan al 929, mientras a finales del siglo X se encuentra citado en el itinerario a lo largo de la vía Francigena del arzobispo Segerico, que señalaba a “il borgo” también como punto de intersección con la calle entre Pisa y Siena. Según la tradición el nombre derivó del santo obispo de Modena, que habría defendido el pueblo de la ocupación de Atila.

La primera muralla se remonta al 998 y comprendía el apoyo de Montestaffoli, donde ya existía una fortaleza sede de mercado de propiedad del obispo de Volterra, y el apoyo de la Torre con el castillo episcopal.
Hacia el 1150, non obstante la apertura de un nuevo trazado de la Francigena, San Gimignano continuo siendo un centro emergente, con una política de expansión territorial y un significativo crecimiento de la actividad comercial. Fue en éste período que se formaron dos « aldeas » fuera de las murallas: la de San Matteo, hacia Pisa, y la de San Giovanni, hacia Siena, ambas a lo largo de una nueva « vía maestra », que eran englobadas en las murallas con el nuevo trazado completado en el 1214.

En el 1199, en pleno uso de su esplendor económico, el país ganó su propia independencia comunal respecto a los obispos de Volterra. No faltaron las luchas internas entre güelfos y gibelinos (respectivamente liderados por los impenitentes Ardinghelli y Salvucci), pero en el siglo XII, bajo los gibelinos, se remonta al periodo de mayor esplendor económico, que se basaba en el comercio de los preciados productos agrícolas locales, entre los cuales el mas buscado era el azafrán, vendido en Italia (Pisa, Lucca, Genova) y en el exterior (Francia y los Países Bajos, hasta en Siria y Egipto[2]). Además, a la par de los otros centros toscanos, se difunde la especulación financiera y la usura. La sólida economía permite la creación de una clase social aristocrática urbana, que expresa la propia supremacía política y social en la construcción de las torres: en el Trescientos se llegaron a contar 72 torres (hoy existen 14).

Los grandes capitales acumulados fueron invertidos en el curso del Doscientos en importantes obras públicas, que dieron a la ciudad la articulación de los espacios urbanos todavía hoy visibles.
En el 1251 las murallas englobaron Montestaffoli, pero pocos años después, en el 1255, la ciudad es tomada por los güelfos de Florencia que ordenaron la destrucción de las murallas. Reconquistada la independencia en el 1261 y vuelta la supremacía gibelina después de la batalla de Montaperti, los sangimignanesi reconstruyeron las murallas comprendiendo también el apoyo de la Torre. Desde entonces la conformación del pueblo se subdivide en cuatro distritos, cada uno corresponde a una puerta principal: la de la Piazza de Castello, de San Matteo y de San Giovanni.

Las ordenes religiosas, apoyadas por el municipio, se entronizaron el la ciudad a partir de la mitad del Doscientos: los franciscanos fuera de Porta San Giovanni (1247), los agustinianos de Porta San Matteo (1280) los dominicanos en Montestaffoli (1335) y las benedictinas de San Girolamo en Porta San Jacopo (1337)
Desde el 8 de mayo del 1300 el Municipio tubo el honor de hospedar al Dante Alighieri como embajador de la Lega Guelfa en Toscana.

El Trescientos fue un siglo de crisis que no ahorró San Gimignano: atormentado por las luchas internas, pesadamente golpeado por la peste negra y la hambruna del 1348, que redujo la población. En el 1351 la ciudad exhausta se entregó espontáneamente a Firenze, renunciando a la propia autonomía y a un rol político en el cuadro toscano. Se remonta a aquel año la Rocca de Montestaffoli, mientras en el 1358 se reforzaron las murallas.

A pesar de la caída económica y política, los siglos XIV y XV fueron importantes desde el punto de vista artístico, gracias a la presencia en la ciudad de numerosos maestros, mas florentinos que seneses, llamados sobretodo por las ordenes religiosas a embellecer sus propias posesiones. Trabajaron en San Gimignano Memmo di Filippuccio, Lippo y Federico Memmi, Taddeo di Bartolo, Benozzo Gozzoli, Domenico Ghirlandaio, Sebastiano Mainardi (nativo de San Gimignano),el Pollaiolo, etc.
La caída y la marginalidad de la ciudad en los siglos sucesivos fueron las condiciones que permitieron la extraordinaria cristalización de su aspecto medieval.

A fines del siglo XIX comenzó a redescubrirse la particularidad y la belleza de la ciudad, sometida integralmente vinculo monumental en 1929. En 1990 ha sido declarado por la UNESCO Patrimonio Cultural de la Humanidad.